根据教育部教技【2003】2号文件《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》，本实验室实行以下管理运行机制：
1. 教育部对实验室进行归口管理：学校在上级指导下负责项目的具体实施和实验室的直接管理。
2. 实验室设立学术委员会，审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作。学术委员会会议每年召开一次。实验室主任通过会议向学术委员会汇报工作。
3. 实验室实行依托单位领导下的主任负责制。主任全面负责实验室的人才引进和培养、重大项目申报和实施、学术交流和合作、实验室运行和经费管理使用等工作。
4. 实验室设立1名专职秘书，协助做好实验室的日常管理工作；大型仪器设备由专人维护管理，完善管理、使用规章制度，实行开放共享。
5. 实验室根据研究方向，采用指南招标、课题评审、实验室资助方式，设立开放课题，吸引国内外优秀科技人才，加大对外开放力度。
6. 实验室与国内外大学和研究机构建立学术联系和合作关系，接受访问学者并积极派出学术骨干进修、访学等。积极开展国际国内合作与学术交流，逐步实现高访学者良性互相流动的比例。
7. 提高研究生培养质量，建立与海外知名大学教授联合培养研究生的机制，实行研究生赴海外实验室长期或短期交流学习，并接受国外大学博士生来实验室交流学习，提升实验室研究生培养的国际化程度。
